Obszar Krainy EGO położony jest w województwie warmińsko-mazurskim w granicach kilku jednostek fizyczno-geograficznych.
Współczesny obraz powierzchni obszaru EGO ukształtował się pod wpływem ostatniego zlodowacenia (14-8 tysięcy lat temu) i przekształca się od początku epoki polodowcowej (holocenu) do dzisiaj. Krajobraz EGO posiada młodą, wyrazistą rzeźbę morenową i bogatą sieć hydrograficzną: rzeki, strumienie, cieki, rynny i misy jezior. Jeziora są najbardziej charakterystycznymi i cennymi formami, jakie utworzyły się wskutek działania lodowca i wód roztopowych. Różnią się one między sobą kształtem, linią brzegu, budową dna, głębokością, wielkością, żyznością itd.
Obszar EGO znajduje się w dorzeczu rzek Wisły i Pregoły (Obwód Kaliningradzki Federacji Rosyjskiej), które skupiają system wodny tego obszaru, należący do zlewni Morza Bałtyckiego. Pomniejsze cieki łączą się z tymi rzekami poprzez Biebrzę, Narew, Węgorapę i Pissę.
Klimat EGO, kształtowany głównie oddziaływaniem kontynentalnym, należy do najzimniejszych w Polsce. Występują tu najniższe średnie temperatury roczne poza terenami górskimi.
Średnia temperatura roczna wynosi w powiecie ełckim około 6,6°C. Temperatury stycznia (statystycznie najzimniejszy) -4,2°C, lipca (statystycznie najcieplejszy) 17,8°C. W powiecie oleckim temperatura średnioroczna to 6°C i odpowiednio: styczeń -4,8°C i lipiec 17°C. W powiecie gołdapskim temperatura średnioroczna waha się około 6°C, najzimniejszy – luty: -4,5 °C, lipiec 17 °C. Opady na wyniesieniach morenowych są na poziomie 643 mm średniorocznie w Gołdapi i 700 mm w rejonie Wzgórz Szeskich, 698 mm w Olecku i 555 mm w Ełku.
Warunki termiczne kształtują długość okresu wegetacyjnego, który rozciąga się od 190-195 dni w powiecie ełckim, na południu obszaru, do 180-185 dni na północy – w powiecie gołdapskim.
