Obszar EGO położony jest w województwie warmińsko-mazurskim w granicach kilku jednostek fizyczno-geograficznych.
Całość znajduje się w podprowincji Pojezierza Bałtyckiego, należy przy tym do makroregionów Pojezierza Mazurskiego (mezoregiony: Kraina Węgorapy, Pojezierze Ełckie, Wzgórza Szeskie) oraz Pojezierza Litewskiego (mezoregiony: Pojezierze Zachodniosuwalskie, Puszcza Romincka). Według geobotanicznego podziału Polski na jednostki geograficzno-roślinne obszar ten leży w Dziale Północnym, w Krainie Mazursko-Kurpiowskiej, obejmującej północno-wschodni obszar Polski w Okręgu Pojezierza Mazurskiego.
Współczesny obraz powierzchni obszaru EGO ukształtował się pod wpływem ostatniego zlodowacenia (14-8 tysięcy lat temu) i przekształca się od początku epoki polodowcowej (holocenu) do dzisiaj. Krajobraz EGO posiada młodą, wyrazistą rzeźbę morenową i bogatą sieć hydrograficzną: rzeki, strumienie, cieki, rynny i misy jezior. Jeziora są najbardziej charakterystycznymi i cennymi formami, jakie utworzyły się wskutek działania lodowca i wód roztopowych. Różnią się one między sobą kształtem, linią brzegu, budową dna, głębokością, wielkością, żyznością itd.
Obszar EGO znajduje się w dorzeczu rzek Wisły i Pregoły (Obwód Kaliningradzki Federacji Rosyjskiej), które skupiają system wodny tego obszaru, należący do zlewni Morza Bałtyckiego. Pomniejsze cieki łączą się z tymi rzekami poprzez Biebrzę, Narew, Węgorapę i Pissę.
Klimat EGO, kształtowany głównie oddziaływaniem kontynentalnym, należy do najzimniejszych w Polsce. Występują tu najniższe średnie temperatury roczne poza terenami górskimi.
Średnia temperatura roczna wynosi w powiecie ełckim około 6,6°C. Temperatury stycznia (statystycznie najzimniejszy) -4,2°C, lipca (statystycznie najcieplejszy) 17,8°C. W powiecie oleckim temperatura średnioroczna to 6°C i odpowiednio: styczeń -4,8°C i lipiec 17°C. W powiecie gołdapskim temperatura średnioroczna waha się około 6°C, najzimniejszy – luty: -4,5 °C, lipiec 17 °C. Opady na wyniesieniach morenowych są na poziomie 643 mm średniorocznie w Gołdapi i 700 mm w rejonie Wzgórz Szeskich, 698 mm w Olecku i 555 mm w Ełku.
Warunki termiczne kształtują długość okresu wegetacyjnego, który rozciąga się od 190-195 dni w powiecie ełckim, na południu obszaru, do 180-185 dni na północy – w powiecie gołdapskim.
Duży obszar oraz jego znaczne zróżnicowanie siedliskowe warunkuje obecność na obszarze EGO licznej, także zróżnicowanej gatunkowo flory. Rozwój współczesnej szaty roślinnej na tym terenie rozpoczął się po ustąpieniu ostatniego zlodowacenia. Obecnie występuje tu około 2000 gatunków roślin wyższych, w tym około 25 gatunków drzew.
Szata roślinna występuje w postaci zróżnicowanych zbiorowisk roślinnych. Trzeba jednak pamiętać, że w wyniku działalności gospodarczej człowieka nie ma obecnie zbiorowisk roślinnych w pierwotnej postaci. Również w kraju zbiorowisk naturalnych, tj. takich, w których przyroda zatarła działalność człowieka i zbliżyła je do pierwotnej postaci jest niewiele (około 8%).
Najwięcej na obszarze EGO jest zbiorowisk półnaturalnych, składających się zarówno z gatunków naturalnych, jak i wprowadzonych przez człowieka, np. łąki, pastwiska, część lasów. Występują też zbiorowiska sztuczne, czyli utworzone w wyniku działalności gospodarczej, np. pola uprawne, ogrody.
