Jest to pierwszy kościół ewangelicko-augsburski w Olecku. Został wzniesiony około 1560 r. Niedługo po nadaniu praw miejskich Marggrabowej. Kiedyś tak nazywano Olecko.
Kościół stał na wzniesieniu, zwanym Wzgórzem Kościelnym. Przy kościele, wewnątrz dziedzińca, znajdował się cmentarz.
Kościół płonął wielokrotnie. Przed najazdem Tatarów w 1656 r. spalił się całkowicie. Podobnie jak miejscowy ratusz. Kościół odbudowano. Spłonął ponownie 22 sierpnia 1684 r. Za każdym razem odbudowywano go dużym wysiłkiem tutejszej parafii ewangelickiej.
Pod koniec XIX w. kościół poddano gruntownej renowacji. Przeprowadzono ją w latach 1900/1901. W 1945 r. został on całkowicie zniszczony przez wojska sowieckie. Przez dziesiątki lat było to puste miejsce. Potem zamienione na plac zabaw dla dzieci z pobliskiego przedszkola.
24 września 1981 r. rozpoczęto budowę nowej świątyni pod wezwaniem Najświętszej Marii Panny Królowej Polski. Wykonano ją na podstawie projektu architektów A. Nowakowskiego i J. Pawłowskiego. 2 października 1984 r. został wmurowany kamień węgielny. Został konsekrowany 8 września 1990 r.
Kościół jest pomnikiem wdzięczności Bogu i Matce Bożej Królowej Polski za ocalenie Jana Pawła II.
