Pierwsze wzmianki o tej leżącej przy trasie z Ełku do Białej Piskiej wsi pochodzą z końca XV wieku. Ziemie te zostały nadane Pawłowi Grabowskiemu za wierną służbę Zakonowi przez wielkiego mistrza Jana von Tieffena.
Nazwa wsi wywodzi się od słowa „baite” oznaczającego w języku staropruskim strażnicę – przebiegała tędy granica z Mazowszem. W XVI wieku Bajtkowo posiadało już własny samorząd, młyn, karczmę, a w wieku XIX także szkołę i parafię. W 1905 roku Bajtkowo nadal zaliczało się do dóbr rycerskich, majątkiem pozostało aż do 1945 roku. Kościół w stylu neogotyckim, zbudowany w 1895 roku z jasnej i czerwonej cegły oraz polnego kamienia, jego fundatorem był miejscowy dziedzic. Przy kościele znajduje się cmentarz z mogiłami z okresu międzywojennego.
W pobliżu grodzisko zwane Górą Zamkową. Obiekt ten posiada dwa majdany otoczone wałami. Na niższym majdanie znajduje się obrobiony kamień, który przypuszczalnie w czasach pogańskich pełnił funkcję sakralną.
