Wieś Grodzisko założona została 1566 roku, jako czynszowa, przez Wojtka Skorupczaka z powiatu giżyckiego. Kupił on od Starosty Węgorzewskiego – Wawrzyńca Rocha 44 włóki puszczy za Kutami, za 4 włóki sołeckie zapłacił 168 grzywien. Osadnicy otrzymali 10 lat wolnizny. Podczas wielkiej epidemii dżumy w 1709-1710 zmarło we wsi 51 osób. W 1895 roku wieś liczyła 549 mieszkańców, 69 budynków mieszkalnych, 96 gospodarstw domowych, szkoła, o łącznej powierzchni 1010,6 ha.
Po wojnie była to jedna z najszybciej zasiedlonych wsi w gminie Banie Mazurskie. Pierwszym jej sołtysem został Sylwester Suchodolski. W 1955-1972 należała do grom. Lisy.
W Grodzisku znajduje się góra (191 m n.p.m.) o tej samej nazwie, dawne grodzisko staropruskie z zabytkami z okresu rzymskiego i wczesnego średniowiecza oraz cmentarzysko. Z tym miejscem związana jest legenda o okrutnym rycerzu zamienionym w psa.
W Grodzisku urodził się Henryk Wilhelm von der Groeben, późniejszy oficer wojsk polskich Jana III Sobieskiego.
Obecnie w Grodzisku zameldowanych jest 201 osób.
